图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第六期。第五期我们通过绘制饼图、堆积柱状图、气泡图等，比较不同分组之间细胞比例差异。本期，我们将下载胃癌bulk数据（TCGA-STAD），筛选胃癌相关差异表达基因，根据差异基因list，使用AddModuleScore_UCell函数给上皮细胞亚群Seurat对象添加恶性评分，以此协助区分正常上皮和恶性上皮。 1.背景介绍 众所周知，胃癌细胞是胃上皮细胞发生了恶性病变
庄闲和游戏 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(七)：评估恶性上皮细胞增殖及迁移能力
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第七期。第六期我们根据TCGA数据库中胃癌和正常胃组织之间的差异表达基因，定义了每个上皮细胞的恶性和非恶性评分。本期，我们将分析恶性上皮细胞G0-G4的Marker基因并绘制热图和小提琴图，此外，我们还将使用AddModuleScore_UCell函数计算细胞的增殖和迁移评分。 建站客服QQ：88888888 1.背景介绍 细胞增殖是生物体的重要生命特征，细胞以分裂的方
庄闲和游戏网 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(八)：拟时序分析
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第八期。第七期我们使用AddModuleScore_UCell函数计算细胞的增殖和迁移评分。本期，我们将使用monocle2进行拟时序分析。 1.背景介绍 系列推文前七期，我们共同学习了单细胞测序的基础分析，从第八期开始，我们将陆续学习拟时序分析（Pseudo-Temporal Analysis），“Copykat”分析及细胞通讯等高级分析。 疾病是一个动态变化的过程，
庄闲和 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十)：CopyKAT分析
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十期。第九期我们用TCGA-STAD数据进行生存分析。本期，我们将回到高级分析（CopyKAT分析），通过计算CNV评估上皮细胞良恶性。 1.背景介绍 在第六期推文中，我们联合TCGA-STAD数据给上皮添加了恶性评分，从而协助区分肿瘤细胞与非肿瘤细胞。在高级分析中，我们可以利用inferCNV和CopyKAT对单细胞进行CNV(Copy number variati
庄闲和游戏网 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十一)：T细胞亚群细分
2026-01-14{jz:field.toptypename/} 图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十一期。第十期我们使用通过CopyKAT分析计算CNV评估上皮细胞良恶性。本期，我们将对T细胞亚群进行细分。 1.背景介绍 德国哲学家莱布尼茨说过:“世上没有两片完全相同的树叶。”物种是有其多样性的。对于细胞来说同样如此。从理论上讲，我们可以对细胞亚群进行无限分群。在初次分群时，可以不断调整分辨率，同样在细胞注释之后，我
庄闲和游戏 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十二)：细胞通讯
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十二期。第十一期使用singleR对T细胞亚群进行细分。本期，我们将进入胃癌复现的最后一章，“细胞通讯”。 1.背景介绍 肿瘤微环境中细胞类型、数量以及功能一直处于动态变化的过程，各类型的细胞组成了一个有序的统一体，而细胞之间频繁的“互动”维持着统一体的动态平衡。这种互动不仅存在于同类型细胞之间，存在与不同类型的细胞间，甚至是单个细胞的不同时间维度上。我们把这种互动，
图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。继胃癌单细胞复现系列完结之后，经过了短暂的休整，我又回来了。之前每一期的推文，我都有认真准备。推文发出之后，也仔细阅读了每一条留言。非常感谢大家的鼓励。 接下来的一段时间里，我将再次开启一个新的学徒分享系列，给大家系统整理肺腺癌单细胞测序的代码。 文章的具体内容，二由老师已在生信菜鸟团公众号发布，请大家移步阅读：单细胞测序+空间转录组描绘从癌前病变到浸润性肺腺癌的动态演变。 本系列包括但不限于以下内容：数据下载与读取
庄闲和app 肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现(二)：细胞注释
2026-01-14{jz:field.toptypename/} 图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。连着三天手术日，拖更了一天。据说生信夜班侠在实验室被背刺（血浆和肿瘤组织的多组学分析揭示了三阴性乳腺癌抗PD-L1免疫治疗的核心蛋白），见了见世面，深感同情。夜班侠是刚从临床到实验室，我是刚从实验室来临床。我比较幸运，来到了一个和谐的科室和一个气氛超级好的组，免去了很多人际上的是非。但是在临床上，你还会面临其他各种问题。各种辛酸，慢慢道来，加油吧，东北老铁！！！加油吧，
庄闲和游戏 肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现(三)：基因可视化
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现系列第三期。第二期我们对细胞亚群进行了注释（肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现(二)：细胞注释）。 本期，我们将使用多种可视化方法，绘制FeaturePlot，ggplot，DoHeatmap图。 1.背景介绍 在胃癌系列推文中，我提到绘好看图需要审美能力强。实际上，绘图能力也能很好的反映我们的科研素养。绘图能力与科研能力之间的关系非常紧密，因为有效的可视化在科学研
庄闲和游戏 单细胞实战之单细胞hdWGCNA分析——入门到进阶(高级篇3）
2026-01-14hdWGCNA与WGNCA分析的关键点很类似，主要有以下几点： 构建无标度网络，识别关键模块基因。这里的无标度网络就像是社会中的人与人之间网络关系，大多数人之间的关系是普通的，但有少部分的人具有很强的"引力"，与他们链接在一起的有一大帮子人。这里的少部分人在WGCNA中就相当于是关键模块基因，是非常重要的节点，如果没有了这个节点这个网络就可能会“瘫痪”。在构建这个无标度网络的时候采用了加权共表达的方式，并且由定义的软阈值去计算加权网络。加权共表达的方式非常好理解，比如人与人
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